دكتر آقاجری در آخرين جلسه‌ی محاكمه خود:


...وى در دفاعيات خود اتهام اهانت به مراجع و روحانيون را رد کرد و گفت : من در سخنراني همدان گفتم که اسلام تقسيم جامعه به روحاني و جسماني را نمي پذيرد و اين واژه تحت تاثير فرهنگ مسيحيت وارد اسلام شده است .
وى ادامه داد : ما در اسلام ، عالم ديني داريم و جامعه اسلامي به دو گروه معلم و متعلم تقسيم ميشود که رابطه اين دو يک رابطه پويا، دوسويه و تکاملي است .
قاضي اسلامي گفت که شما بايد بگوييد که کدام بخش از جامعه ما اين تلقي را از يک روحاني دارد که او يک فرد آسماني و پاک است ، عرف ما چنين تلقي از روحانيون ندارند و اين تقسيم بندى را شما در ذهن خود داريد.
آقاجرى در پاسخ به اين مطلب قاضي که اين تقسيم بندى را تراوش ذهن وى دانسته بود، گفت : اين تقسيم بندى که از موضع انتقادى صورت گرفته است ، تقسيم بندى من نيست. "من آنچه را که در سخنراني همدان گفته بودم اين بود که ما در اسلام طبقه اى به نام روحاني نداريم ."
آقاجرى ادامه داد : در جامعه ما کساني هستند که معتقدند پوشيدن لباس نوعي قداست در طرف ايجاد ميکند که شفابخش است . رابطه ماندگار و تقدس يک رابطه قديمي است که اسلام با آن مخالف است .

...آقاجرى تقدس را فقط مربوط به ذات خداوند، پيامبر اکرم (ص) و ائمه معصومين دانست و گفت: جز اين ها هيچ کس مقدس نيست ، اگر کسي به يک روحاني اهانت کند به شخص اهانت کرده است نه مقدسات و آن شخص ميتواند به عنوان شاکي خصوصي، از توهين کننده شکايت کند.

...وى همچنين اين اتهام را که گفته آمريکا دشمن ما نيست ، رد کرد و گفت: در متن سخنانم چنين جمله اى وجود ندارد من آمريکا را دشمن ميدانم ولي متعتقدم عده اى از اين دشمن به عنوان حربه اى عليه رقباى داخلي استفاده ميکنند.
آقاجرى افزود : بر فرض اينکه من آمريکا را دشمن ندانم آيا اين جرم به حساب ميآيد؟
آقاجرى در پاسخ به اين اتهام که گفته مجلس خبرگان خود را به يک گروه حمايتي و حتي جناحي تقليل داده است ، گفت: من يک استاد دانشگاه هستم و آيا اظهار نظرم در باره يک نهاد در کشور جرم محسوب ميشود.(متن کامل را در ايران امروز بخوانيد.)